Пирин планина е поделена морфоложки на три дяла – Северен, Среден и Южен. Територията на Национален парк „Пирин“ заема високите части на Северен Пирин, между връх Пирин, на североизток границата на парка достига до подножието на планината, в околностите на градовете Банско и Добринище, а на югозапад – до района на хижа „Яне Сандански“ и връх Шарлия. Пирин е „млада“ планина, от геоложка гледна точка. Оформянето и започва с внедряването на гранити в периода преди около 56-23 милиона години. Границите образуват куполообразно тяло – „плутон“, в периферните и теменни части, на което се запазват вместващите го скали. В северен Пирин това са по-старите от гранита, дълбоко променени, метаморфозирали скали – гнайси, шисто, мрамори, амфиболити. След внедряването на гранитния плутон, Пирин неколкократно се е издригал за сметка на пропадането на околните котловини – Разложката, Гоцеделчевскатаи Санданско-Петричката. Така по време на последното глобално захлаждане, преди около 1,2 млн. Години, планината вече е била достатъчно висока, за да задържа целогодишно сняг над 2300 м н.в. Снегът постепенно се уплътнявал, превръщайки се в лед. Бавно, но постепенно, ледът е удълбавал скалите под себе си, извайвайки множество характерни форми. Това са по-дълбоки или по-плитки амфитератрални циркуси – „леглата“, в които са се зараждали планинските ледници, скалните венци и зъбери (карлинги) между циркусите, ледниковите (трогови) долиним по които са изтичали ледниците. След себе си ледените подтоци са оставяли огладени скални късове, заграбени по пътя – морените. След оттеглянето си при последвалото затопляне, ледниците са ни оставили още едно безценно богатство – циркусните езера. На територията на НП Пирин могат да се видят повече от 180 по-гплеми и по-малки езера, като повече от 160 са постоянни, а останалите – сезонни. Езерата са разположени най-вече в южните части на Северен Пирин (гранитното било) и дават начало на много реки – Бъндерица, Дамяница, Ретиже, Туфча… Най – високата част на парка – билото на Вихрен (мраморното било) с върховете Вихрен, Кутело, Бански и Разложки суходоли е изградено от карбонатни скали, предимно мраморни, по – рядко шисти. Те лесно се поддават на химическо излужване от разтворения във водата въглероден диоксид. Ето защо водата не се задържа на повърхността, а се просмуква в скалата, продължавайки да дълбае и в дълбочина. Така в циркусите по мраморното било са оформени карстовите форми на релефа – понори, пропасти и пещери. В циркуса Бански суходол е октрита и се проучва пещера No.9, която може би ще се окаже най-дълбоката печера на Балканския полуостров.
